En los meses que siguieron a la muerte de los hermanos, varios monjes trapenses se ofrecieron para intentar reconstituir una comunidad alrededor del "pequeño resto" de Argel: el padre Amédée. Venían: de España, Hno. Ventura; de Polonia, Hno. Mikaël, de origen dominicano; de Chile, Hno. Francisco; de Francia (Aiguebelle), Hno. Jean Pierre Flachaire y Francia (Tamié), Hno. Jean Michel. El abad de Aiguebelle, Dom André Barbeau, los recibe, organiza su instalación en Argelia y los visita regularmente.
Estos 6 monjes, cuya estabilidad no está en N.D. del Atlas (excepto P. Amédée), se consideran en esta fase como una célula separada de la abadía de Aiguebelle. El anexo de Fez lleva ahora el nombre de priorato Notre Dame del Atlas; habiendo alcanzado el límite de edad el P. Jean Pierre Schumacher, le sucede como superior el P Jean Pierre Flachaire. El Hno. Jean Claude, monje de Citeaux, refuerza entonces al grupo de Argel y se encarga de él.
Pero en Argelia, la violencia y las masacres siguen presentes en la región y los 6 monjes no obtienen el permiso de las autoridades argelinas para una instalación en Tibhirine; residen mientras tanto en Argel, cerca de Notre Dame de África, en el antiguo apartamento del cardenal Duval, y tratan de subir lo más a menudo posible a Tibhirne siempre bajo un estrecho control de la gendarmería y sin tener derecho a dormir allí.
A principios de 2000, parece que se perfila una tiempo de calma; los monjes pueden dormir de vez en cuando en Tibhirine; en marzo de 2000, el día de la Anunciación, el hermano Francisco, ante Monseñor Teissier y Dom André, pronuncia sus votos definitivos en la abarrotada capilla de Tibhirine y bajo la mirada fraternal de los vecinos musulmanes, que a continuación son invitados a un cuscús gigante. La celebración de la Pascua, cuya primera parte fuera de la capilla se desarrolla en presencia de los vecinos, es un nuevo signo de esperanza y los Hermanos plantan varios centenares de manzanos para asegurar su subsistencia con miras a su reasentamiento.
Por desgracia, las masacres siguen allí; una familia de cinco personas es asesinada a unos cientos de metros del monasterio; las restricciones impuestas por la gendarmería van cada vez más en contra de lo que quieren vivir los monjes; toda vida monástica normal es casi imposible y al obstinarse se corre el riesgo de poner en peligro a los vecinos menos protegidos. Don Andrés Barbeau, de acuerdo con el abad general, decide entonces, con tristeza, parar esta tentativa, y los trapenses abandonan la tierra de Argelia.
El padre Amédée se une entonces al priorato del Atlas en Marruecos. La comunidad, en 2001, abandona la casa mal acomodada de Fez para instalarse en Midelt, al pie del alto Atlas, en un antiguo orfanato, pequeño edificio simple y en una sola planta, bien adaptado a un pequeño número de monjes y huéspedes y situado en el corazón de una población que ya tiene una tradición de relaciones confiadas y abiertas con los cristianos, en este caso las Franciscanas Misioneras de María instaladas en la región desde hace cerca de 70 años. Este monasterio prosigue hoy en la paz y la sencillez su presencia en la iglesia de Marruecos y adaptado a su entorno. (ver apartado N.D. del Atlas en Marruecos)
En cuanto a Tibhirine, después de un período de transición, la diócesis de Argel se hace cargo de él. Un sacerdote, agrónomo, de la misión de Francia, el padre Jean Marie Lassausse va a asegurar la triple tarea de continuar el cultivo de las tierras con colaboradores del pueblo, mantener los lazos con los vecinos y acoger a los visitantes peregrinos, muy raros al principio, que han ido aumentando a lo largo de los años.